Bali dihuni sekitar tahun 2000 SM oleh orang Austronesia yang bermigrasi awalnya dari pulau Taiwan ke Asia Tenggara dan Oseania melalui Maritim Asia Tenggara. Secara budaya dan bahasa, orang Bali sangat dekat dengan masyarakat kepulauan Indonesia, Malaysia, Filipina, dan Oseania. Alat-alat batu yang berasal dari zaman ini telah ditemukan di dekat desa Cekik di barat pulau itu.

Di Bali kuno, ada sembilan sekte Hindu, yaitu Pasupata, Bhairawa, Siwa Shidanta, Waisnawa, Bodha, Brahma, Resi, Sora dan Ganapatya. Setiap sekte memuja dewa tertentu sebagai Ketuhanan pribadinya.